Núi Thủng cao khoảng 100m so với mặt hồ, như một khối hình tháp xanh khổng lồ nằm độc lập giữa lòng thung lũng. Giữa lưng chừng là lỗ thủng cực lớn xuyên qua lòng núi, với đường kính chỗ rộng nhất lên tới khoảng 35m. Đây có thể xem như một nét độc đáo, cực kỳ hiếm trong hệ thống núi đá vôi tại Việt Nam nói riêng và trên thế giới nói chung.